Diese Frage wird sich nur für Einzelstandorte beantworten lassen. Grund dafür sind häufige Umsetzungen und der Verlust an genauer Information zum ursprünglichen Standort. Desweiteren sind weinge Beispiele von Nachgrabungen bei Versetzungen von Originalstandort bekannt. In Frage kommen auch nur Steinkreuze, die nicht als Sühnekreuz gesetzt wurden, also mittelalterliche Grab-Steinkreuze außerhalb von Friedhöfen, Pestkreuze, Tote Männer etc.

Anton Nägele schreibt zu dieser Thematik 1912 folgendes:

...Schon Stadelhofer in seiner Chronik des Klosters Roth bestreitet die Annahme mit der Begründung, in Schwaben wenigstens habe man unter diesen angeblichen Leichensteinen keine Gebeine gefunden. Birlinger fügt hinzu, wenigstens sehr oft sei man bei Ausgrabungen auf keine Totengerippe gestossen, weiss aber ein andermal zu berichten, im Lerd bei Wehingen (Heuberg) ständen seit altem drei Kreuze, die Untersuchung habe allda drei Gräber ergeben. Ja, bei Ausgrabungen unter den drei Steinkreuzen am Altweg zwischen Altsteusslingen und Dächingen habe man 1830 zwei Schwerter mit Gebeinen gefunden. Auch von dem einzigen Steinkreuz, das die Zeitschrift für Volkskunde bisher erwähnt hat (17, 99), dem Kreuzstein in Tautenburg bei Dornburg a.S., geht die Sage, zwei Jäger hätten sich hier erschossen oder ein Offizier sei darunter begraben. Fast all diese Morde, die das Volk für die Stein­kreuze erdichtet, und all die anderen Meinungen von Selbstmördern, Christen zur Heidenzeit, Andersgläubigen, die unter denselben begraben sein sollen, sind leere Fabeleien. Vielleicht rührt die Auffassung der ja meist an Scheidewegen sich findenden Kreuze als Leichensteine aus der dunklen Überlieferung her, dass die am Galgen erhängten Raubritter oft an Seheidewegen beerdigt wurden, so der berüchtigte Meier Helm­brecht, dessen Schicksale Wernher der Grartenäre im 13. Jahrhundert auf-gezeichet hat. Bei meinen zahlreichen Ausgrabungen im Oberamt Riedlingen, Ehingen, Münsingen ist, wie bei anderen Grabungen in Bayern, keine Spur von Gebeinen zutage gefördert worden. Auf die wenigen älteren Berichte über etwaige Funde ist kein Verlass, wie z.B, aus dem ums Jahr 1632 in der Geschichte Neustadta a.A, berichteten Vor­fall sonnenklar sich ergibt: 'man habe dort bei einem steinern Creutz eine junge Mannsperson am 17. Mai 1632 gegen Emskirchen' eingegraben gefunden, 'durch Kopf und Leib geschoßen'. Das Steinkreuz, bei dem {nicht unter dem!) man die gefundene Leiche eingegraben hatte, war also schon vorhanden, wurde nicht als Leichenstein gesetzt. Mit diesem Be­richt mögen vertrauenswürdige Nachrichten über neuere Funde von Skeletten bei (nicht unter!) Steinkreuzen sich erklären lassen, jeden­falls mahnt er zur Torsicht. Frank-Kaufheuren ist geneigt anzunehmen, im Feld gefundene Pestleichen oder fremde Verunglückte oder Tot­geschlagene könnten eher an Ort und Stelle begraben und Steinkreuze über oder bei den Leichen gesetzt worden sein; für Einheimische war nur der Friedhof die Grabstätte. - Die volkstümliche Annahme die Kreuzsteine bei Tigerfeld (Münsingen), Menkeberg an der Strasse von Weich nach Fuchsau (Traunstein) bezeichneten Schwedengräber, wird schon durch die späteren Inschriften, dort 1726, hier 1674 und 1767, als irrtümlich erwiesen.

(Naegele, Anton - Fragen und Ergebnisse der Kreuzsteinforschung, in: Zeitschrift des Vereins für Volkskunde 22, 1912, S.275-276)
Sven Gerth, Pfaffroda