Diese Frage wird sich nur für Einzelstandorte beantworten lassen. Grund dafür sind häufige Umsetzungen und der Verlust an genauer Information zum ursprünglichen Standort. Desweiteren sind weinge Beispiele von Nachgrabungen bei Versetzungen von Originalstandort bekannt. In Frage kommen auch nur Steinkreuze, die nicht als Sühnekreuz gesetzt wurden, also mittelalterliche Grab-Steinkreuze außerhalb von Friedhöfen, Pestkreuze, Tote Männer etc.

Anton Nägele schreibt zu dieser Thematik 1912 folgendes:

...Schon Stadelhofer in seiner Chronik des Klosters Roth bestreitet die Annahme mit der Begründung, in Schwaben wenigstens habe man unter diesen angeblichen Leichensteinen keine Gebeine gefunden. Birlinger fügt hinzu, wenigstens sehr oft sei man bei Ausgrabungen auf keine Totengerippe gestossen, weiss aber ein andermal zu berichten, im Lerd bei Wehingen (Heuberg) ständen seit altem drei Kreuze, die Untersuchung habe allda drei Gräber ergeben. Ja, bei Ausgrabungen unter den drei Steinkreuzen am Altweg zwischen Altsteusslingen und Dächingen habe man 1830 zwei Schwerter mit Gebeinen gefunden. Auch von dem einzigen Steinkreuz, das die Zeitschrift für Volkskunde bisher erwähnt hat (17, 99), dem Kreuzstein in Tautenburg bei Dornburg a.S., geht die Sage, zwei Jäger hätten sich hier erschossen oder ein Offizier sei darunter begraben. Fast all diese Morde, die das Volk für die Stein­kreuze erdichtet, und all die anderen Meinungen von Selbstmördern, Christen zur Heidenzeit, Andersgläubigen, die unter denselben begraben sein sollen, sind leere Fabeleien. Vielleicht rührt die Auffassung der ja meist an Scheidewegen sich findenden Kreuze als Leichensteine aus der dunklen Überlieferung her, dass die am Galgen erhängten Raubritter oft an Seheidewegen beerdigt wurden, so der berüchtigte Meier Helm­brecht, dessen Schicksale Wernher der Grartenäre im 13. Jahrhundert auf-gezeichet hat. Bei meinen zahlreichen Ausgrabungen im Oberamt Riedlingen, Ehingen, Münsingen ist, wie bei anderen Grabungen in Bayern, keine Spur von Gebeinen zutage gefördert worden. Auf die wenigen älteren Berichte über etwaige Funde ist kein Verlass, wie z.B, aus dem ums Jahr 1632 in der Geschichte Neustadta a.A, berichteten Vor­fall sonnenklar sich ergibt: 'man habe dort bei einem steinern Creutz eine junge Mannsperson am 17. Mai 1632 gegen Emskirchen' eingegraben gefunden, 'durch Kopf und Leib geschoßen'. Das Steinkreuz, bei dem (nicht unter dem!) man die gefundene Leiche eingegraben hatte, war also schon vorhanden, wurde nicht als Leichenstein gesetzt. Mit diesem Be­richt mögen vertrauenswürdige Nachrichten über neuere Funde von Skeletten bei (nicht unter!) Steinkreuzen sich erklären lassen, jeden­falls mahnt er zur Torsicht. Frank-Kaufheuren ist geneigt anzunehmen, im Feld gefundene Pestleichen oder fremde Verunglückte oder Tot­geschlagene könnten eher an Ort und Stelle begraben und Steinkreuze über oder bei den Leichen gesetzt worden sein; für Einheimische war nur der Friedhof die Grabstätte. - Die volkstümliche Annahme die Kreuzsteine bei Tigerfeld (Münsingen), Menkeberg an der Strasse von Weich nach Fuchsau (Traunstein) bezeichneten Schwedengräber, wird schon durch die späteren Inschriften, dort 1726, hier 1674 und 1767, als irrtümlich erwiesen.
(Naegele, Anton - Fragen und Ergebnisse der Kreuzsteinforschung, in: Zeitschrift des Vereins für Volkskunde 22, 1912, S.275-276)

Sven Gerth, Pfaffroda

Ein solches Beispiel liefert auch Karl Lynker in:
Lynker, K. Deutsche Sagen und Sitten in hessischen Gauen gesammelt, Zweite Ausgabe, Cassel und Göttingen, 1860. S. 185 f+ «Gudensberg wird verrathen» An dem Wege, welcher von Gudensberg nach Besse führt, zwischen der Stadt und dem Odenberge, steht ein altes, kaum noch erkennbares steinernes Kreuz, auf dem vor nicht gar langer Zeit noch eine unleserliche Schrift zu sehen gewesen sein soll. Davon geht folgende Sage: Im dreißigjährigen Kriege lag einmal der Feind vor der Stadt – die ehemals viel größer war als jetzt und bis zum Odenberge sich ausdehnte – und konnte sie lange nicht gewinnen. Da schlich sich eines Tages ein Bürger zum feindlichen Heerführer und erbot sich, die Stadt in Brand zu stecken, wenn ihm ein reicher Lohn dafür werde; und beide schlossen darauf einen Pakt miteinander. Als es dunkel wurde, stiegen plötzlich in verschiedenen Straßen zugleich blutrothe Flammen auf; der Feind benutzte die Verwirrung, die alsbald unter den bestürzten Bürgern entstand, erstürmte die Mauern und Gudensberg fiel ohne Wiederstand in seine Gewalt. Aber der schändliche Verräther erreichte nachmals das verdiente Loos, denn ein Zufall brachte es an den Tag, daß die Stadt durch ihn in dieses Unglück gekommen. Sein böses Gewissen trieb ihn zur Flucht; allein schon am Odenberge wurde er eingeholt; seine ergrimmten Mitbürger fielen über ihn her, stachen ihm Augen und Ohren aus und begruben ihn dann lebendig an der Stelle, wo das alte Kreuz steht.